传统习惯上，常将肥料按成分分为化肥和有机类肥料。微生物肥料在大类上属于有机类肥，但目前更多将其列为新型肥料中的品种。传统有机肥多来自动植物的废弃物，有效养分含量低，肥效相对低。
而微生物肥料利用微生物的作用，将原来的废弃物、人畜粪便、各种秸秆甚至污染物发酵后变成具有活性的多功能高效肥料，使用后通过其中所含的大量有益微生物的活动，增进土壤肥力，刺激和调控作物生长，增强抗逆和抗病能力。
现在，我国面临耕地复种指数高、生产力下降，作物病害频发，农业效益下降等的问题，而微生物肥料的特点和功能恰好能解决、应对这些问题。
可以说，与传统肥料相比，微生物肥料在保护生态、农业废弃物资源利用、提高肥料利用率和作物产量质量等方面具有明显优势，它是一种“环境友好型肥料”。
美国出版的《微生物养活世界》一书，强调通过调控土壤微生物区系能够增产20%，减少20%的化肥与农药，是未来环境友好、经济高效农业的新出路。我国发展微生物肥料能有效支持农业可持续发展，在加强耕地质量建设、提高科学施肥水平等方面挑起“四两拨千斤”重任。
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